Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2016, том 11, выпуск 2, страницы 170–190
DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.170
(Mi mbb276)
 

Эта публикация цитируется в 17 научных статьях (всего в 17 статьях)

Биоинформатика

Статистический анализ внутренних расстояний спиральных пар в белковых молекулах

Д. А. Тихоновa, Л. И. Куликоваa, А. В. Ефимовb

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Список литературы:
Аннотация: В данной работе проведен статистический анализ распределения межспиральных расстояний в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Полученное по определенным правилам множество спиральных пар всех белковых молекул, включенных в Protein Data Bank, разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределения расстояний для спиральных пар, проекции которых не имеют пересечений, имеют более дальнодействующий характер, чем те, проекции которых пересекаются. При помощи регрессионного анализа исследован характер распределений, в частности, показано, что в подмножестве без пересечений распределения различных расстояний между осями спиралей относятся к гамма- распределениям. Показано, что подмножества пар с пересечением имеют с большой вероятностью малое отношение минимального расстояния к межплоскостному, в отличие от подмножества пар без пересечения, где наблюдается противоположная картина. Обосновывается вывод о том, что спиральные пары, проекции спиралей которых пересекаются, дополнительно стабилизируются за счет внутренних взаимодействий.
Ключевые слова: структурные мотивы белков, спиральные пары в белковых молекулах, точечная модель, статистический анализ, межплоскостное расстояние, минимальное расстояние между осями спиралей.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-01-00692_а
14-07-00924_а
15-29-07063_офи_м
Работа выполнена при поддержке грантов РФФИ № 16-01-00692, № 14-07-00924 и № 15-29-07063.
Материал поступил в редакцию 27.04.2016, опубликован 04.08.2016
Тип публикации: Статья
УДК: 519.2
Образец цитирования: Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Статистический анализ внутренних расстояний спиральных пар в белковых молекулах”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 170–190
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikKulEfi16}
\by Д.~А.~Тихонов, Л.~И.~Куликова, А.~В.~Ефимов
\paper Статистический анализ внутренних расстояний спиральных пар в~белковых молекулах
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 170--190
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb276}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.170}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb276
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p170
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 17 статьяx:
    1. A.N. Pankratov, N.M. Pankratova, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 10, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2024  crossref
    2. A. N. Pankratov, N. M. Pankratova, “Approximation Models of Inexact Repeats in Spatial Conformations of Proteins”, Pattern Recognit. Image Anal., 34:4 (2024), 1026  crossref
    3. D. Tikhonov, L. Kulikova, A. T. Kopylov, V. Rudnev, A. Stepanov, K. Malsagova, A. Izotov, D. Kulikov, A. Zulkarnaev, D. Enikeev, N. Potoldykova, A. L. Kaysheva, “Proteomic and molecular dynamic investigations of PTM-induced structural fluctuations in breast and ovarian cancer”, Sci Rep, 11:1 (2021), 19318  crossref  isi
    4. V. R. Rudnev, L. I. Kulikova, A. L. Kaysheva, A. V. Efimov, D. A. Tikhonov, “Use of the molecular dynamics method to investigate the stability of alpha-alpha-corner structural motifs in proteins”, Symmetry-Basel, 13:7 (2021), 1193  crossref  isi
    5. Tikhonov D.A. Kulikova L.I. Efimov A.V., “Relationship Between the Interhelical Packing Angles and the Length of Alpha-Helices in Proteins”, Mol. Biol., 54:2 (2020), 292–298  crossref  isi  scopus
    6. Tikhonov D., Kulikova L., Kopylov A., Malsagova K., Stepanov A., Rudnev V., Kaysheva A., “Super Secondary Structures of Proteins With Post-Translational Modifications in Colon Cancer”, Molecules, 25:14 (2020), 3144  crossref  isi  scopus
    7. D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov, “The study of interhelical angles in the structural motifs formed by two helices”, Матем. биология и биоинформ., 14, Suppl. (2019), 1–17  mathnet  crossref
    8. S. A. Makhortykh, L. I. Kulikova, A. N. Pankratov, R. K. Tetuev, “Generalized Spectral-Analytical Method and Its Applications in Image Analysis and Pattern Recognition Problems”, Pattern Recognit. Image Anal., 29:4 (2019), 621  crossref
    9. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 059, 24 с.  mathnet  crossref  elib
    10. D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov, “Analysis of torsion angles between helical axes in pairs of helices in protein molecules”, Матем. биология и биоинформ., 13, Suppl. (2018), 17–28  mathnet  crossref
    11. В. Р. Руднев, Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, М. Ю. Губин, А. В. Ефимов, “База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 185, 16 с.  mathnet  crossref  elib
    12. V.R. Rudnev, D.A. Tikhonov, L.I. Kulikova, M.Yu. Gubin, A.V. Efimov, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 7, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2018  crossref
    13. D.A. Tikhonov, L.I. Kulikova, V.R. Rudnev, A.V. Efimov, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 7, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2018  crossref
    14. D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov, “Исследование межспиральных углов в спиральных парах белковых молекул”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 176–25  mathnet  crossref
    15. D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov, “Исследование торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 91–16  mathnet  crossref
    16. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Исследование межспиральных углов в структурных мотивах, образованных двумя спиралями”, Матем. биология и биоинформ., 12:1 (2017), 83–101  mathnet  crossref
    17. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 398–410  mathnet  crossref
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:318
    PDF полного текста:115
    Список литературы:53
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2025