Аннотация:
Проведен анализ конформаций около 600 петлевых участков (перетяжек) в β−α- и α−β-дугах, принадлежащих одному из структурных мотивов, часто встречающемуся в белках, abCd-единице. Всего в негомологичных белках отобрано 258 abCd-единиц с «обратным» ходом полипептидной цепи (236 PDB-файлов) и 69 abCd-единиц с «прямым» ходом (65 PDB-файлов). Исследованы четыре типа дуг: β−α- и α−β-дуги при «прямом» ходе цепи; β−α- и α−β-дуги при «обратном» ходе цепи. Для каждого типа дуг определены частоты встречаемости перетяжек разной длины и построены соответствующие гистограммы. Установлено, что наибольшую встречаемость имеют дуги длиной до трех аминокислотных остатков (57%). β−α-Дуги из abCd-единиц с «прямым» ходом цепи чаще других состоят из двух аминокислотных остатков (44%), которые в 86% случаев имеют конформацию βmαβαn. В них нет глицинов и пролинов, а в позиции β часто встречается аспарагин. В этом типе дуг в перетяжках из одного остатка с конформациями βmεαn или βmαLαn чаще других встречаются глицины. В α−β-дугах с «прямым» ходом цепи чаще других (18%) встречаются перетяжки из четырех аминокислотных остатков. Здесь нет преимущественной конформации перетяжек. В β−α-дугах с «обратным» ходом цепи чаще других (17%) встречаются перетяжки из семи аминокислотных остатков, и большинство из них (88%) имеют конформацию βmαLββααββαn. В α−β-дугах с «обратным» ходом цепи чаще других (32%) встречаются перетяжки из одного аминокислотного остатка (все глицины) с конформацией дуг αmεβn или αmαLβn. Проведенный в данной работе структурный анализ abCd-единицы содержит полезную информацию для предсказания пространственной структуры белков, а также для молекулярного моделирования белковых структур de novo.
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований, грант РФФИ № 13-04-00150.
Материал поступил в редакцию 06.06.2016, опубликован 18.07.2016
Тип публикации:
Статья
Образец цитирования:
Е. В. Бражников, А. М. Каргатов, А. В. Ефимов, “Структура петлевых участков в β−α- и α−β-дугах abCd-единиц в глобулярных белках”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 159–169
\RBibitem{BraKarEfi16}
\by Е.~В.~Бражников, А.~М.~Каргатов, А.~В.~Ефимов
\paper Структура петлевых участков в $\beta-\alpha$- и $\alpha-\beta$-дугах abCd-единиц в~глобулярных белках
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 159--169
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb260}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.159}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb260
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p159
Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
Е. В. Бражников, А. В. Ефимов, “$\Pi$-модуль в $\mathrm{OB}$-фолде: структура и особенности последовательностей”, Матем. биология и биоинформ., 17:2 (2022), 441–451 [E. V. Brazhnikov, A. V. Efimov, “Structure and features of amino acid sequences of $\Pi$-modules in $\mathrm{OB}$-folds”, Mat. Biolog. Bioinform., 17:2 (2022), 441–451]
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: