Аннотация:
Полученные из библиотек EST локусы простых повторяющихся последовательностей (EST-SSR) являются важными инструментами для изучения генетического разнообразия, филогении, эволюции, сравнительной геномики, анализа QTL и ассоциативного картирования. Мы провели поиск в литературе известных EST-SSR, используемых для сосны обыкновенной (Pinus sylvestris L.) – одной из основных лесных пород в мире. 91 из 102 известных EST-SSR локусов для сосны обыкновенной, был вручную сопоставлен с эталонным геномом Pinus taeda L., а также с доступными генами P. sylvestris. Для 83 EST-SSR было определено местоположение в геноме и предполагаемая функция связанных с ними генов с помощью анализа консервативных доменов (CDD), функционального анализа известных гомологов Gene Ontology и анализа пути KEGG. Многие из маркеров располагались в нетранслируемых областях (преимущественно в 3’UTR), а также в кодирующих последовательностях генов сосны обыкновенной и сосны ладанной. Для восьми маркеров не удалось обнаружить гены ни у одного из видов. Из них семь маркеров были локализованы на участках скаффолдов P. taeda, не содержащих гены в текущем варианте сборки генома (v.1.0). Полученные результаты могут быть использованы в дальнейшем для популяционно-генетических исследований, а также изучения адаптивных признаков и картирования QTL P. sylvestris и других видов сосны.
Материал поступил в редакцию 12.05.2022, 14.06.2022, опубликован 27.06.2022
Реферативные базы данных:
Тип публикации:
Статья
Язык публикации: английский
Образец цитирования:
E. N. Gulyaeva, T. V. Tarelkina, N. A. Galibina, “Functional characteristics of EST-SSR markers available for Scots pine”, Матем. биология и биоинформ., 17:1 (2022), 82–155
\RBibitem{GulTarGal22}
\by E.~N.~Gulyaeva, T.~V.~Tarelkina, N.~A.~Galibina
\paper Functional characteristics of EST-SSR markers available for Scots pine
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2022
\vol 17
\issue 1
\pages 82--155
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb481}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2022.17.82}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=49295837}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb481
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v17/i1/p82
Эта публикация цитируется в следующих 2 статьяx:
Chaoyu Liu, Maomao Zhang, Xueli Zhao, “Development of unigene-derived SSR markers from RNA-seq data of Uraria lagopodioides (Fabaceae) and their application in the genus Uraria Desv. (Fabaceae)”, BMC Plant Biol, 23:1 (2023)
Paweł Przybylski, “Assessment of Variability: Chloroplast Microsatellite DNA, Defoliation, and Regeneration Potential of Old Pine Stands of Different Origins in the Context of Assisted Genotype Migration”, Forests, 13:11 (2022), 1829
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: