Functional characteristics of EST-SSR markers available for Scots pine

Полученные из библиотек EST локусы простых повторяющихся последовательностей (EST-SSR) являются важными инструментами для изучения генетического разнообразия, филогении, эволюции, сравнительной геномики, анализа QTL и ассоциативного картирования. Мы провели поиск в литературе известных EST-SSR, используемых для сосны обыкновенной (Pinus sylvestris L.) – одной из основных лесных пород в мире. 91 из 102 известных EST-SSR локусов для сосны обыкновенной, был вручную сопоставлен с эталонным геномом Pinus taeda L., а также с доступными генами P. sylvestris. Для 83 EST-SSR было определено местоположение в геноме и предполагаемая функция связанных с ними генов с помощью анализа консервативных доменов (CDD), функционального анализа известных гомологов Gene Ontology и анализа пути KEGG. Многие из маркеров располагались в нетранслируемых областях (преимущественно в 3’UTR), а также в кодирующих последовательностях генов сосны обыкновенной и сосны ладанной. Для восьми маркеров не удалось обнаружить гены ни у одного из видов. Из них семь маркеров были локализованы на участках скаффолдов P. taeda, не содержащих гены в текущем варианте сборки генома (v.1.0). Полученные результаты могут быть использованы в дальнейшем для популяционно-генетических исследований, а также изучения адаптивных признаков и картирования QTL P. sylvestris и других видов сосны.