|
Эта публикация цитируется в 6 научных статьях (всего в 6 статьях)
Переводы опубликованных статей
Analysis of torsion angles between helical axes in pairs of helices in protein molecules
[Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул]
D. A. Tikhonova, L. I. Kulikovaa, A. V. Efimovb a Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of
Applied Mathematics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia
b Institute of Protein Research, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia
Аннотация:
В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области $0^\circ$ и $180^\circ$. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области $20^\circ$–$25^\circ$. Образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от $-50^\circ$ до $-25^\circ$), в области положительных значений углов (от $20^\circ$ до $25^\circ$) и в области прямого угла (от $70^\circ$ до $110^\circ$).
Ключевые слова:
структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
Материал поступил в редакцию 24.04.2018, опубликован 30.04.2018
Образец цитирования:
D. A. Tikhonov, L. I. Kulikova, A. V. Efimov, “Analysis of torsion angles between helical axes in pairs of helices in protein molecules”, Матем. биология и биоинформ., 13, Suppl. (2018), t17–t28
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb360 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i3/p17
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 180 | PDF полного текста: | 44 | Список литературы: | 27 |
|