Processing math: 100%
Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2017, том 12, выпуск 2, страницы 398–410
DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.398
(Mi mbb302)
 

Эта публикация цитируется в 11 научных статьях (всего в 11 статьях)

Биоинформатика

Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул

Д. А. Тихоновab, Л. И. Куликоваa, А. В. Ефимовc

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Московская область, Россия
c Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Список литературы:
Аннотация: В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области 0 и 180. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из α- и 310-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя α-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области 2025. Образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от 50 до 25), в области положительных значений углов (от 20 до 25) и в области прямого угла (от 70 до 110).
Ключевые слова: структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-01-00692_а
Исследование выполнено при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проект № 16-01-00692).
Материал поступил в редакцию 19.09.2017, опубликован 27.11.2017
Тип публикации: Статья
УДК: 519
Образец цитирования: Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 398–410
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikKulEfi17}
\by Д.~А.~Тихонов, Л.~И.~Куликова, А.~В.~Ефимов
\paper Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 398--410
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb302}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.398}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb302
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p398
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 11 статьяx:
    1. David Legland, “MatGeom: A toolbox for geometry processing with MATLAB”, SoftwareX, 29 (2025), 101984  crossref
    2. A.N. Pankratov, N.M. Pankratova, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 10, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2024  crossref
    3. A. N. Pankratov, N. M. Pankratova, “Approximation Models of Inexact Repeats in Spatial Conformations of Proteins”, Pattern Recognit. Image Anal., 34:4 (2024), 1026  crossref
    4. D. Tikhonov, L. Kulikova, V. Rudnev, A. T. Kopylov, A. Taldaev, A. Stepanov, K. Malsagova, A. Izotov, D. Enikeev, N. Potoldykova, A. Kaysheva, “Changes in protein structural motifs upon post-translational modification in kidney cancer”, Diagnostics, 11:10 (2021), 1836  crossref  isi
    5. V. R. Rudnev, L. I. Kulikova, A. L. Kaysheva, A. V. Efimov, D. A. Tikhonov, “Use of the molecular dynamics method to investigate the stability of alpha-alpha-corner structural motifs in proteins”, Symmetry-Basel, 13:7 (2021), 1193  crossref  isi
    6. Tikhonov D.A., Kulikova L.I., Efimov A.V., “Relationship Between the Interhelical Packing Angles and the Length of Alpha-Helices in Proteins”, Mol. Biol., 54:2 (2020), 292–298  crossref  isi  scopus
    7. S. A. Makhortykh, L. I. Kulikova, A. N. Pankratov, R. K. Tetuev, “Generalized Spectral-Analytical Method and Its Applications in Image Analysis and Pattern Recognition Problems”, Pattern Recognit. Image Anal., 29:4 (2019), 621  crossref
    8. Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ площадей и периметров полигонов пересечения проекций спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 059, 24 с.  mathnet  crossref  elib
    9. В. Р. Руднев, Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, М. Ю. Губин, А. В. Ефимов, “База данных двухспиральных мотивов белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа”, Препринты ИПМ им. М. В. Келдыша, 2018, 185, 16 с.  mathnet  crossref  elib
    10. V.R. Rudnev, D.A. Tikhonov, L.I. Kulikova, M.Yu. Gubin, A.V. Efimov, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 7, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2018  crossref
    11. D.A. Tikhonov, L.I. Kulikova, V.R. Rudnev, A.V. Efimov, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 7, Proceedings of the International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, 2018  crossref
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:205
    PDF полного текста:65
    Список литературы:32
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2025