Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2017, том 12, выпуск 2, страницы 398–410
DOI: https://doi.org/10.17537/2017.12.398
(Mi mbb302)
 

Эта публикация цитируется в 8 научных статьях (всего в 8 статьях)

Биоинформатика

Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул

Д. А. Тихоновab, Л. И. Куликоваa, А. В. Ефимовc

a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Московская область, Россия
c Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Список литературы:
Аннотация: В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области $0^\circ$ и $180^\circ$. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области $20^\circ$$25^\circ$. Образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от $-50^\circ$ до $-25^\circ$), в области положительных значений углов (от $20^\circ$ до $25^\circ$) и в области прямого угла (от $70^\circ$ до $110^\circ$).
Ключевые слова: структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-01-00692_а
Исследование выполнено при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проект № 16-01-00692).
Материал поступил в редакцию 19.09.2017, опубликован 27.11.2017
Тип публикации: Статья
УДК: 519
Образец цитирования: Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 398–410
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{TikKulEfi17}
\by Д.~А.~Тихонов, Л.~И.~Куликова, А.~В.~Ефимов
\paper Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2017
\vol 12
\issue 2
\pages 398--410
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb302}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2017.12.398}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb302
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p398
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 8 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:162
    PDF полного текста:52
    Список литературы:22
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024