|
Эта публикация цитируется в 9 научных статьях (всего в 9 статьях)
Биоинформатика
Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул
Д. А. Тихоновab, Л. И. Куликоваa, А. В. Ефимовc a Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ
им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
b Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Пущино, Московская область, Россия
c Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Аннотация:
В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области $0^\circ$ и $180^\circ$. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из $\alpha$- и $3_{10}$-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя $\alpha$-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области $20^\circ$–$25^\circ$. Образованные двумя $\alpha$-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от $-50^\circ$ до $-25^\circ$), в области положительных значений углов (от $20^\circ$ до $25^\circ$) и в области прямого угла (от $70^\circ$ до $110^\circ$).
Ключевые слова:
структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
Материал поступил в редакцию 19.09.2017, опубликован 27.11.2017
Образец цитирования:
Д. А. Тихонов, Л. И. Куликова, А. В. Ефимов, “Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 398–410
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb302 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v12/i2/p398
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 168 | PDF полного текста: | 55 | Список литературы: | 23 |
|