Конформационный анализ структурных мотивов типа $\alpha$-$\alpha$-уголок в вычислительном эксперименте молекулярной динамики

В настоящей работе рассматривается задача распознавания структурных мотивов белков типа $\alpha$-$\alpha$-уголков, решаемая с помощью аналитического описания основной цепи белковой глобулы и спектрального метода распознавания повторов. Описывается проведенная верификация найденных структур по конформационному шаблону, охарактеризованному предельными значениями углов на карте Рамачандрана. Методом молекулярной динамики показано, что $\alpha$-$\alpha$-уголки с короткой перетяжкой как автономные структуры устойчивы в водной среде.