|
Математическая биология и биоинформатика, 2011, том 6, выпуск 2, страницы 147–160
(Mi mbb82)
|
|
|
|
Биоинформатика
Применение вейвлет-преобразования к задаче поиска сайтов начала репликации в ДНК человека
А. А. Щербаковa, Ю. Б. Порозовb a Саратовский государственный технический университет, 410054, Саратов, ул. Политехническая, 77
b Санкт-Петербургский государственный университет информационных технологий, механики и оптики, 197101 Санкт-Петербург, Кронверкский пр., 49
Аннотация:
Поиск сайтов начала репликации (ORI) в ДНК человека – актуальная для современной биологии проблема. Предложенный нами подход для предсказания положения ORI в человеческом геноме базируется на поиске скрытых зависимостей в последовательностях нуклеотидов при помощи метода сравнения вейвлет-спектров. Подбор параметров вейвлет-преобразования был осуществлен на основе данных о положении некоторых известных ORI в геноме человека. Применение вейвлет-преобразования с найденными параметрами для предсказания ORI в последовательностях с неизвестным расположением сайтов начала репликации и в случайных последовательностях нуклеотидов показало хорошие результаты. Результаты анализа вейвлет-спектров последовательностей нуклеотидов могут быть применены как самостоятельно в качестве индикаторов положения ORI, так и как один из факторов в различных классификаторах, таких, как байесовский классификатор, метод опорных векторов и других. В работе указаны преимущества и недостатки метода и приведены возможные пути повышения его эффективности.
Ключевые слова:
вейвлет-спектр, ДНК, спектральный анализ, сайт начала репликации.
Материал поступил в редакцию 14.06.2011, опубликован 21.07.2011
Образец цитирования:
А. А. Щербаков, Ю. Б. Порозов, “Применение вейвлет-преобразования к задаче поиска сайтов начала репликации в ДНК человека”, Матем. биология и биоинформ., 6:2 (2011), 147–160
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb82 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i2/p147
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 306 | PDF полного текста: | 143 | Список литературы: | 25 | Первая страница: | 1 |
|