Определение инвариантных элементов структуры третьего вариабельного домена белка gp120 ВИЧ-1 методами молекулярного моделирования

Методами молекулярного моделирования построены статические и динамические модели трехмерной структуры третьего вариабельного домена (петля V3) белка gp120 ВИЧ-1 для четырех различающихся по генетическим и биологическим свойствам модификаций вируса, циркулирующих в странах Восточной Европы, таких как Россия, Беларусь и Украина. Выполнен сравнительный анализ расчетных структур петли V3, позволивший установить ряд закономерностей в пространственной организации этого участка оболочки ВИЧ-1, образующего главную мишень для нейтрализующих антител, а также детерминанту, ответственную за внедрение вирусного генома в макрофаги и Т-лимфоциты. В результате показано, что, несмотря на генетическое разнообразие ВИЧ-1, петля V3 образует как минимум три консервативных структурных мотива, включающих аминокислоты белка gp120, критические для клеточного тропизма. Обнаруженные инвариантные элементы структуры петли V3 рассматриваются как перспективные мишени для создания новых противовирусных препаратов с широким диапазоном нейтрализующего действия.