|
Математическая биология и биоинформатика, 2011, том 6, выпуск 1, страницы 39–52
(Mi mbb64)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 6 научных статьях (всего в 6 статьях)
Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»
Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах
С. С. Киселев, О. Н. Озолинь Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино,
Московская область, Россия
Аннотация:
Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания $\sigma^\mathrm D$-зависимых промоторов Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах $-10$ и $-35$. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) – эволюционно удалённого от E.coli микроорганизма. Оказалось, что “чувствительность” PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.
Ключевые слова:
универсальный алгоритм поиска промоторов, аннотация бактериальных геномов.
Материал поступил в редакцию 21.01.2011, опубликован 03.02.2011
Образец цитирования:
С. С. Киселев, О. Н. Озолинь, “Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 39–52
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb64 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i1/p39
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 354 | PDF полного текста: | 111 | Список литературы: | 64 | Первая страница: | 1 |
|