Структурообразующие модули как индикаторы промоторной ДНК в бактериальных геномах

Предложена унифицированная версия компьютерной программы поиска промоторов PlatPromU, базирующаяся на эволюционной консервативности структурной организации бактериального аппарата транскрипции. В отличие от исходного алгоритма PlatProm, оптимизированного для узнавания $\sigma^\mathrm D$-зависимых промоторов Escherichia coli (E.coli), новая версия не использует весовых матриц, отражающих частоту присутствия консервативных пар в элементах $-10$ и $-35$. Её предсказательный потенциал оценивали по способности распознавать известные промоторы Corynebacterium glutamicum (C.glutamicum) – эволюционно удалённого от E.coli микроорганизма. Оказалось, что “чувствительность” PlatPromU сопоставима с предсказательным потенциалом специализированной программы (PlatPromC), адаптированной к узнаванию регуляторных участков C.glutamicum, и выше, чем у исходного алгоритма PlatProm. Это значит, что унифицированная программа, моделирующая только структурно-конформационные свойства промоторной ДНК, может быть рекомендована в качестве инструмента для предварительного поиска регуляторных участков в геномах с неизвестным контекстом специфических элементов.