Применение стратегии перепрофилирования лекарств для виртуального скрининга потенциальных ингибиторов проникновения ВИЧ-1, блокирующих домен NHR белка gp41 оболочки вируса

С помощью стратегии перепрофилирования лекарств проведен компьютерный скрининг потенциальных ингибиторов домена NHR белка gp41 ВИЧ-1 – консервативного участка, критически важного для слияния мембран вируса и клетки-мишени и его инфективности. Использованный вычислительный подход включал: (1) молекулярный докинг этого функционально значимого участка оболочки ВИЧ-1 с соединениями из библиотеки биологически активных молекул, содержащей одобренные для применения в клинике лекарства, экспериментальные препараты и исследуемые кандидаты в лекарственные средства; (2) оценку сродства соединений к терапевтической мишени; (3) моделирование молекулярной динамики комплексов лиганд/NHR-gp41; (4) расчеты свободной энергии образования комплексов с последующим анализом молекулярно-динамических траекторий и отбором соединений, перспективных для тестирования на анти-ВИЧ-1 активность. В результате проведенных расчетов идентифицированы шесть соединений, проявляющих высокое сродство к домену NHR белка gp41 ВИЧ-1 и обладающих приемлемыми фармакологическими свойствами. Предполагается, что найденные соединения формируют многообещающую основу для разработки новых, эффективных и безопасных противовирусных агентов широкого спектра действия, способных ингибировать проникновение ВИЧ-1 в клетку хозяина.