Аннотация:
Разработан универсальный методологический подход, который позволяет решать задачу дифференциации близкородственных видов по необработанным данным секвенирования NGS. Метод основан на использовании однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Данный подход универсален, его можно использовать при биоинформатическом анализе любых файлов с результатами секвенирования независимо от исследуемого биологического вида. Разработанный нами подход основан на автоматизации процесса поиска нуклеотидных последовательностей, фланкирующих искомый аллель. Поиск может проводиться на персональном компьютере исследователя, язык программирования Python v.3.10 и среда разработки программного обеспечения Jupyter Notebook бесплатны и общедоступны. Методологический подход для генотипирования in silico реализован в виде программы GENIS. В рамках данной работы проведена апробация программы на файлах с результатами секвенирования геномов животных рода Sus, выявлены полиморфизмы для дифференциации свиней породы дюрок.
Ключевые слова:
однонуклеотидный полиморфизм, генотипирование in silico, Sus scrofa, Python v.3.10, Jupyter Notebook.
Исследование выполнено в рамках НИР “Биоинформатический подход к анализу данных полногеномного секвенирования для поиска однонуклеотидных замен, способных дифференцировать близкородственные биологические виды” (БРФФИ, 2023–2025 гг., Б23-060).
Материал поступил в редакцию 29.04.2023, 16.01.2024, опубликован 02.03.2024
Реферативные базы данных:
Тип публикации:
Статья
Образец цитирования:
В. Н. Кипень, Е. В. Снытков, “GENIS – методологический подход для генотипирования in silico (апробация на результатах секвенирования для Sus scrofa)”, Матем. биология и биоинформ., 19:1 (2024), 36–51
\RBibitem{KipSny24}
\by В.~Н.~Кипень, Е.~В.~Снытков
\paper GENIS -- методологический подход для генотипирования \emph{in silico} (апробация на результатах секвенирования для \emph{Sus scrofa})
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2024
\vol 19
\issue 1
\pages 36--51
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb546}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2024.19.36}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=68485685}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb546
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v19/i1/p36
Эта публикация цитируется в следующих 2 статьяx:
V. N. Kipen′, E. V. Snytkov, M. E. Mikhailova, “Establishing the breed composition of pigs using KASP technology”, Vescì Akademìì navuk Belarusì. Seryâ biâlagičnyh navuk, 70:1 (2025), 69
V. N. Kipen, Zh. T. Isakova, M. M. Patrin, K. B. Chekirov, K. A. Aitbaev, A. R. Karypova, M. I. Irsaliev, “Identification of Bos taurus and Bos grunniens Using SNPs”, Russ J Genet, 61:1 (2025), 63
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: