|
Математическая биология и биоинформатика, 2010, том 5, выпуск 2, страницы 188–201
(Mi mbb54)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)
Математическое моделирование
Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM
Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев Институт математических проблем биологии РАН
Аннотация:
Предложен новый подход к исследованию влияния растворителя на молекулярные системы, основанный на теории интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM. Получено новое интегральное уравнение, в котором матрица внутримолекулярных корреляций усредняется по молекулярным траекториям, рассчитываемым методом молекулярной динамики. Такой способ позволяет учитывать подвижность растворенных молекул при оценках эффекта сольватации. Выполнено сравнение результатов полученных в рамках нового подхода со стандартными расчетами средних по траектории термодинамических величин на примере пептида окситоцина. Показано, что все структурные и термодинамические параметры сольватации пептида, полученные в рамках нового метода, лежат
в интервале статистической погрешности при усреднении по траектории.
Ключевые слова:
гидратация макромолекул, стационарная динамическая траектория, термодинамика, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM.
Материал поступил в редакцию 01.12.2010, опубликован 17.12.2010
Образец цитирования:
Д. А. Тихонов, Е. В. Соболев, “Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 188–201
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb54 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v5/i2/p188
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 293 | PDF полного текста: | 81 | Список литературы: | 51 | Первая страница: | 1 |
|