|
Математическая биология и биоинформатика, 2010, том 5, выпуск 2, страницы 98–113
(Mi mbb51)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)
Математическое моделирование
Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории
Е. В. Соболевa, Д. А. Тихоновa, Х. Фридманb, Т. Н. Труонгb a Институт математических проблем биологии РАН
b Факультет химии, Центр теоретической химии Генри Эйринга, Университет Юты, США
Аннотация:
Эффективный параллельный алгоритм численного решения уравнений RISM и определения свободной энергии гидратации был применен для изучения относительной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола (DAPI) с двумя различными сайтами в малом желобе ДНК. Эффективность вычислительной процедуры позволила рассчитать свободную энергию гидратации в каждой точке траектории, полученной методом молекулярной динамики, и более точно описать растворенную молекулу по сравнению с традиционным применением метода RISM для замороженных конфигураций.
Ключевые слова:
термодинамика, гидратация макромолекул, свободная энергия Гиббса, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM, ДНК.
Материал поступил в редакцию 21.07.2010, опубликован 14.09.2010
Образец цитирования:
Е. В. Соболев, Д. А. Тихонов, Х. Фридман, Т. Н. Труонг, “Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 98–113
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb51 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v5/i2/p98
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 309 | PDF полного текста: | 104 | Список литературы: | 67 | Первая страница: | 1 |
|