Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2010, том 5, выпуск 2, страницы 98–113 (Mi mbb51)  
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)

Математическое моделирование

Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории

Е. В. Соболевa, Д. А. Тихоновa, Х. Фридманb, Т. Н. Труонгb

a Институт математических проблем биологии РАН
b Факультет химии, Центр теоретической химии Генри Эйринга, Университет Юты, США
PDF полного текста (528 kB) Список цитирования (4)
Список литературы:
PDF
HTML
Аннотация: Эффективный параллельный алгоритм численного решения уравнений RISM и определения свободной энергии гидратации был применен для изучения относительной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола (DAPI) с двумя различными сайтами в малом желобе ДНК. Эффективность вычислительной процедуры позволила рассчитать свободную энергию гидратации в каждой точке траектории, полученной методом молекулярной динамики, и более точно описать растворенную молекулу по сравнению с традиционным применением метода RISM для замороженных конфигураций.
Ключевые слова: термодинамика, гидратация макромолекул, свободная энергия Гиббса, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM, ДНК.
Материал поступил в редакцию 21.07.2010, опубликован 14.09.2010
Тип публикации: Статья
УДК: 577.3, 51-76
Образец цитирования: Е. В. Соболев, Д. А. Тихонов, Х. Фридман, Т. Н. Труонг, “Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории”, Матем. биология и биоинформ., 5:2 (2010), 98–113
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SobTikFri10}
\by Е.~В.~Соболев, Д.~А.~Тихонов, Х.~Фридман, Т.~Н.~Труонг
\paper Применение метода RISM для оценки свободной энергии связывания 4${}'$,6-диамидино-2-фенилиндола в~малом желобе ДНК по молекулярно-динамической траектории
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2010
\vol 5
\issue 2
\pages 98--113
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb51}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb51
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v5/i2/p98
    • Эта публикация цитируется в следующих 4 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:309
    PDF полного текста:104
    Список литературы:67
    Первая страница:1
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024