Homologs of RNA ligase 2 of the bacteriophage T4 in metagenomes of ocean microbiota

РНК-лигаза 2 фага T4 – это уникальный фермент, функционально сходный, в отличие от других РНК-лигаз, с ДНК-лигазами, а также родственный редактирующим РНК-лигазам паразитических трипаносом и лейшманий. РНК-лигазы 2 присутствуют в ограниченном (небольшом) количестве геномов, которые, к тому же, сильно разбросаны по древу жизни. В работе был проведен поиск гомологов РНК-лигазы 2 в базах данных пелагических океанических генетических данных GOS и глубоководной осадочной микробиоты LCGC14. В метагеномах пелагической и осадочной глубоководной микробиоты было найдено соответственно 6 и 15 гомологов РНК-лигазы 2 бактериофага Т4, пригодных для анализа. Филогенетический анализ обнаруженных аминокислотных последовательностей показал, что большинство из них проявляют сходство с гомологами РНК-лигазы 2 из бактерий и грибов. На ветви филогенетического дерева, общей для гомологов из подсемейства бактериофагов Tevenvirinae и протистов типа Euglenozoa, были найдены пять гомологов океанического происхождения. Этот результат говорит о наличии как в толще воды открытого океана, так и на его дне новых, еще неизвестных организмов, геномы которых кодируют этот редкий фермент.