Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2019, том 14, выпуск 2, страницы 683–704
DOI: https://doi.org/10.17537/2019.14.683 (Mi mbb411) 		 
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Биоинформатика

Гомологи РНК-лигазы 2 бактериофага T4 в метагеномах океанической микробиоты

А. А. Зиминa, Н. А. Никулинa, Н. Н. Назиповаb

a Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г. К. Скрябина Российской академии наук – обособленное подразделение ФИЦ ПНЦБИ РАН, Пущино, Россия
b Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
PDF полного текста (1252 kB) Список цитирования (1)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.17537/2019.14.683
Аннотация: РНК-лигаза 2 фага T4 – это уникальный фермент, функционально сходный, в отличие от других РНК-лигаз, с ДНК-лигазами, а также родственный редактирующим РНК-лигазам паразитических трипаносом и лейшманий. РНК-лигазы 2 присутствуют в ограниченном (небольшом) количестве геномов, которые, к тому же, сильно разбросаны по древу жизни. В работе был проведен поиск гомологов РНК-лигазы 2 в базах данных пелагических океанических генетических данных GOS и глубоководной осадочной микробиоты LCGC14. В метагеномах пелагической и осадочной глубоководной микробиоты было найдено соответственно 6 и 15 гомологов РНК-лигазы 2 бактериофага Т4, пригодных для анализа. Филогенетический анализ обнаруженных аминокислотных последовательностей показал, что большинство из них проявляют сходство с гомологами РНК-лигазы 2 из бактерий и грибов. На ветви филогенетического дерева, общей для гомологов из подсемейства бактериофагов Tevenvirinae и протистов типа Euglenozoa, были найдены пять гомологов океанического происхождения. Этот результат говорит о наличии как в толще воды открытого океана, так и на его дне новых, еще неизвестных организмов, геномы которых кодируют этот редкий фермент.
Ключевые слова: океанические метагеномы, генетические исследования глубоководной осадочной и пелагической микробиоты, РНК-лигаза 2, геномика бактериофагов.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 19-07-00996
Работа Назиповой Н.Н. была поддержана Российским фондом фундаментальных исследований (грант РФФИ № 19-07-00996).
Материал поступил в редакцию 21.11.2019, 23.12.2019, опубликован 31.12.2019
Тип публикации: Статья
Образец цитирования: А. А. Зимин, Н. А. Никулин, Н. Н. Назипова, “Гомологи РНК-лигазы 2 бактериофага T4 в метагеномах океанической микробиоты”, Матем. биология и биоинформ., 14:2 (2019), 683–704
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ZimNikNaz19}
\by А.~А.~Зимин, Н.~А.~Никулин, Н.~Н.~Назипова
\paper Гомологи РНК-лигазы 2 бактериофага T4 в метагеномах океанической микробиоты
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2019
\vol 14
\issue 2
\pages 683--704
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb411}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2019.14.683}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb411
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v14/i2/p683
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:127
    PDF полного текста:132
    Список литературы:20
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024