Исследование модели ДНК с нелокальной связью в столкновительном термостате

Модифицированная модель Пейярда–Бишопа–Доксуа с нелокальной связью в inter-site потенциале исследована в столкновительном термостате с максвелловским распределением короткоживущих виртуальных частиц по скоростям при температуре 310 K. Обнаружено, что ввод нелокальности в inter-site потенциал существенно снижает константы равновесия для реакции образования пузырьков денатурации и улучшает согласие расчётных данных с экспериментами. Данный эффект особенно выражен для пузырьков крупного размера. Исследованы концевые эффекты в новой версии модели. Показан существенный вклад энтропии и связанная с ним важная роль процессов переноса и локализации механической энергии на концевых участках ДНК.