|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Математическое моделирование
Исследование бризерной динамики ДНК в модели с нелокальной связью между нуклеотидными парами
Е. И. Гераськинa, В. Д. Лахноb, А. П. Четвериковa, А. С. Шигаевb a Саратовский национальный исследовательский государственный университет им. Н. Г. Чернышевского, Саратов, Россия
b Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ имени М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
Аннотация:
Предложен вариант модели Пейярда–Бишопа–Доксуа, в котором учтён частично делокализованный характер стэкинг-взаимодействий ДНК. Показано, что нелокальный inter-site потенциал способен приводить к повышению локальной кооперативности открывания баббла и увеличению числа синхронно открывающихся смежных нуклеотидных пар при его зарождении. Изучен процесс формирования и распространения мобильных бризеров, возбуждаемых за счет начальных смещений нескольких нуклеотидных пар. Установлено, что учет в модели ПБД нелокальной связи приводит, при сохранении остальных параметров модели, к уменьшению скорости мобильного бризера и повышению вероятности нуклеации пузырька денатурации.
Ключевые слова:
ДНК, мобильный бризер, стэкинг-взамодействия, баббл, нуклеация, модель Пейярда–Бишопа–Доксуа.
Материал поступил в редакцию 02.04.2020, 27.05.2020, опубликован 10.06.2020
Образец цитирования:
Е. И. Гераськин, В. Д. Лахно, А. П. Четвериков, А. С. Шигаев, “Исследование бризерной динамики ДНК в модели с нелокальной связью между нуклеотидными парами”, Матем. биология и биоинформ., 15:1 (2020), 93–105
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb424 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v15/i1/p93
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 152 | PDF полного текста: | 49 | Список литературы: | 18 |
|