|
Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)
Математическое моделирование
Математическое моделирование учета открытых состояний в зависимости от $^2$H/$^1$H соотношения в двухцепочечной молекуле ДНК
С. С. Джимакab, М. И. Дроботенкоab, А. А. Басовac, А. А. Свидловb, М. Г. Барышевab a Кубанский государственный университет, Краснодар, Россия
b Южный научный центр РАН, Ростов-на-Дону, Россия
c Кубанский государственный медицинский университет, г. Краснодар
Аннотация:
В статье представлены результаты оценки возможного влияния атомов дейтерия на раскрытие пар азотистых оснований молекулы ДНК, причиной которого может быть изотопный обмен $^2$H/$^1$H, вследствие чего происходит увеличение энергии, необходимой для разрыва водородной связи. Эти процессы изучаются с помощью математического моделирования, учитывающего количество открытых состояний между парами оснований, что является одним из ключевых условий адекватности математической модели ДНК. Данные математического эксперимента показали, что присутствие дейтерия в цепочке нуклеотидов может вызывать в зависимости от величины энергии разрыва водородной связи как увеличение, так и уменьшение вероятности возникновения открытых состояний. Так, в рассмотренном примере при энергии разрыва водородной связи 0:358$\cdot$10$^{-22}$ Н$\cdot$м, наблюдается в случае отсутствия дейтерия в молекуле ненулевая вероятность появления открытых состояний, а с энергией разрыва водородной связи 0:359$\cdot$10$^{-22}$ Н$\cdot$м или более такая вероятность равна нулю. Если же в молекуле присутствует один атом дейтерия, ненулевая вероятность наблюдается даже при энергии разрыва водородной связи равной 0:368$\cdot$10$^{-22}$ Н$\cdot$м (то есть более 0:358$\cdot$10$^{-22}$ Н$\cdot$м). Показано, что участие атомов дейтерия в образовании водородных связей двойных спиралей молекулы ДНК может вызвать изменения во времени, необходимом для передачи генетической информации, что может объяснить влияние даже незначительных отклонений концентрации дейтерия в среде на метаболические процессы в живых системах.
Ключевые слова:
ДНК, дейтерий, вращательные движения азотистых оснований, молекулярная динамика двухцепочечной ДНК, открытые состояния.
Материал поступил в редакцию 24.09.2019, 10.12.2019, опубликован 11.12.2019
Образец цитирования:
С. С. Джимак, М. И. Дроботенко, А. А. Басов, А. А. Свидлов, М. Г. Барышев, “Математическое моделирование учета открытых состояний в зависимости от $^2$H/$^1$H соотношения в двухцепочечной молекуле ДНК”, Матем. биология и биоинформ., 14:2 (2019), 612–624
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb406 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v14/i2/p612
|
|