|
Математическая биология и биоинформатика, 2019, том 14, выпуск 1, страницы 327–339
(Mi mbb387)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)
Математическое моделирование
Plasmid pBR322 and nonlinear conformational distortions (kinks)
[Плазмида pBR322 и нелинейные конформационные возмущения (кинки)]
L. V. Yakushevicha, L. A. Krasnobaevabc a Institute of Cell Biophysics of the Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow region, Russia
b Siberian State Medical University, Tomsk, Russia
c Tomsk State University, Tomsk, Russia
Аннотация:
Плазмида pBR322, содержащая две кодирующие области в матричной цепи, является удобным объектом для изучения нелинейной динамики ДНК, которая, как известно, играет важную роль в процессах транскрипции, репликации, денатурации и передачи структурных изменений и информации вдоль молекулы ДНК. Целью настоящей работы является исследование методами математического моделирования динамики локальных конформационных возмущений – кинков, в плазмиде pBR322. Для расчета динамических характеристик кинков мы применили метод Маклафлина–Скотта, дополненный блочным методом. Это позволило моделировать кинки как квазичастицы, движущиеся в потенциальном поле плазмиды. Мы рассчитали временные зависимости энергии, скорости и координаты кинка. Расчеты были выполнены для трех различных значений начальной скорости кинка: 150 м/с, 1650 м/с и 1879 м/с. Полученные результаты, представленные в виде 3D траекторий и их проекций, показали, что необходимым условием прохождения кинком всей плазмиды является достаточно высокая начальная скорость кинка, значение которой $v$ превышает 1656.66 м/с, однако меньше скорости звука (1904.60 м/с).
Ключевые слова:
плазмида pBR322, кинки, уравнение МакЛафлина–Скотта, 3D траектории.
Материал поступил в редакцию 25.03.2019, 27.05.2019, опубликован 20.06.2019
Образец цитирования:
L. V. Yakushevich, L. A. Krasnobaeva, “Plasmid pBR322 and nonlinear conformational distortions (kinks)”, Матем. биология и биоинформ., 14:1 (2019), 327–339
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb387 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v14/i1/p327
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 129 | PDF полного текста: | 42 | Список литературы: | 15 |
|