Аннотация:
С целью разработки нового подхода для классификации прокариот геномы представителей семейства Rickettsiaceae были проанализированы с помощью формального анализа строя информационной цепи. Для сравнения геномов использовалась такая числовая характеристика строя, как средняя удалённость. Формальный анализ строя позволяет непосредственно учитывать расположение нуклеотидов в каждой последовательности. Полученные результаты позволили уточнить ранее известную классификацию, выделить внутри рода Rickettsia группу Rickettsia felis располагающуюся между «предковой» группой и группой клещевой пятнистой лихорадки (КПЛ), и группу R. akari на границе между группой КПЛ и родом Orientia. Программное обеспечение для анализа нуклеотидных последовательностей с помощью формального анализа строя находится в свободном доступе по адресу: http://foarlab.org.
Ключевые слова:
Rickettsia, классификация, таксономия, геном, формальный анализ строя, средняя удалённость, межнуклеотидное расстояние.
Материал поступил в редакцию 03.08.2016, опубликован 05.12.2016
Тип публикации:
Статья
УДК:
004.942
Образец цитирования:
С. Н. Шпынов, А. С. Гуменюк, Н. Н. Поздниченко, “Применение числовой характеристики строя нуклеотидов в геномах прокариот для реклассификации внутри рода Rickettsia”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 336–350
\RBibitem{ShpGumPoz16}
\by С.~Н.~Шпынов, А.~С.~Гуменюк, Н.~Н.~Поздниченко
\paper Применение числовой характеристики строя нуклеотидов в геномах прокариот для реклассификации внутри рода \emph{Rickettsia}
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 336--350
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb275}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.336}
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: