Аннотация:
Для моделирования структуры пептидного лиганда в составе комплекса белков главного комплекса гистосовместимости и Т-клеточного рецептора (PDB ID 2Z31) был использован метод Тагучи, позволивший сократить число экспериментов, требуемых для анализа вклада различных аминокислотных остатков по каждой позиции активного участка молекулы лиганда. В соответствии с методом Тагучи исследован ряд прототипов молекул лиганда в виде пространственных моделей, которые были использованы для молекулярного докинга с оптимизацией структуры комплексов по критерию минимизации внутренней молекулярно-механической энергии. Получена аминокислотная последовательность пептида, которая демонстрирует уменьшение энергии комплекса по сравнению с природным лигандом, что демонстрирует применимость метода Тагучи для оптимизации структуры пептидов с целью разработки новых молекул лигандов.
Ключевые слова:
метод Тагучи, оптимизация структуры, пространственная модель, первичная структура.
Работа поддержана грантом Министерства образования и науки Российской Федерации, Соглашение №14.607.21.0133 (RFMEFI60715X0133).
Материал поступил в редакцию 01.12.2016, опубликован 08.12.2016
Тип публикации:
Статья
УДК:
51-76, 519.252
Образец цитирования:
А. В. Данилкович, В. И. Туробов, Е. В. Соболев, И. П. Удовиченко, “Применение метода Тагучи для изучения структуры пептидного лиганда в составе сложного комплекса”, Матем. биология и биоинформ., 11:2 (2016), 385–393
\RBibitem{DanTurSob16}
\by А.~В.~Данилкович, В.~И.~Туробов, Е.~В.~Соболев, И.~П.~Удовиченко
\paper Применение метода Тагучи для изучения структуры пептидного лиганда в составе сложного комплекса
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 2
\pages 385--393
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb262}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.385}
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb262
https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i2/p385
Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
А. В. Данилкович, Д. А. Тихонов, В. И. Туробов, И. П. Удовиченко, “Эргономичный способ оптимизации первичной структуры пептидного лиганда”, Матем. биология и биоинформ., 12:2 (2017), 446–456
Цитирование в формате AMSBIB
Обратная связь: