Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2016, том 11, выпуск 1, страницы 14–23
DOI: https://doi.org/10.17537/2016.11.14
(Mi mbb248)
 

Биоинформатика

О количестве перекрытий слов в паттернах

Е. И. Фурлетоваa, М. А. Ройтбергabc

a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, Россия
b Московский физико-технический институт, Долгопрудный, Московская область, Россия
c НИУ Высшая школа экономики, Москва, Россия
Список литературы:
Аннотация: Изучалась задача оценки количества перекрытий в паттерне — наборе слов в некотором алфавите $A$, имеющих одну и ту же длину $m$. Получены теоретические и экспериментальные оценки количества перекрытий для паттернов двух видов. Первый из них — это случайные паттерны, для которых верна равномерная вероятностная модель: все буквы в алфавите $A$ и, соответственно, все слова длины $m$ равновероятны. Доказано, что среднее количество перекрытий $P$ для случайных паттернов, состоящих из $n$ слов длины $m$, линейно зависит от размера паттерна $n$ и не зависит от длины слов в паттерне. В проведенных компьютерных экспериментах отношение $P/n$ менялось в пределах от $0.33$ до $1.06$; теоретические оценки этого отношения для тех же паттернов не превосходят $1.67$. Вторым видом паттернов, изученных в статье, являются паттерны, заданные матрицами позиционных весов из базы данных HOCOMOCO и пороговыми весами. Для этих паттернов отношение количества перекрытий к количеству слов в экспериментах менялось от $0.004$ до $1$, для более половины паттернов это отношение меньше $0.1$.
Ключевые слова: перекрытие, паттерн, вхождение паттерна в последовательность.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 14-04-32220_мол_а
14-01-93106_НЦНИЛ_а
16-04-01640_а
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (гранты № 14-04-32220, № 14-01-93106 и № 16-04-01640).
Материал поступил в редакцию 19.11.2015, опубликован 27.01.2016
Тип публикации: Статья
УДК: 510.52:519.21
Образец цитирования: Е. И. Фурлетова, М. А. Ройтберг, “О количестве перекрытий слов в паттернах”, Матем. биология и биоинформ., 11:1 (2016), 14–23
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{FurRoi16}
\by Е.~И.~Фурлетова, М.~А.~Ройтберг
\paper О количестве перекрытий слов в паттернах
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2016
\vol 11
\issue 1
\pages 14--23
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb248}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2016.11.14}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb248
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v11/i1/p14
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:157
    PDF полного текста:56
    Список литературы:35
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024