Вариабельность транскрипционного ландшафта межгенной области oppA-oppB у бактерий по данным компьютерного предсказания потенциальных стартов синтеза РНК

Трансмембранные белки OppB и OppC, составляя остов бактериальных АВС-транспортеров олигопептидов, остаются совершенно не исследованными с точки зрения регуляции экспрессии кодирующих их генов. С помощью универсального алгоритма поиска потенциальных стартов синтеза РНК (PlatPromU) для геномов 13 микроорганизмов из различных таксономических групп исследована возможность транскрипции oppB, инициируемой на промоторах межгенной области oppA-oppB. Выявлены сходные паттерны распределения вероятных сайтов инициации транскрипции у энтеробактерий и необычная по насыщенности потенциальными промоторами межгенная область у Bifidobacterium dentium. Филогенетический анализ и поиск мотивов, гомологичных нуклеотидному контексту промоторного островка свидетельствуют о том, что часть его была привнесена в регуляторную область oppB Bifidobacterium dentium из кодирующей области гена GTNG_2042 эволюционно удалённого вида Geobacillus thermodenitrificans. Эта интеграция могла спровоцировать формирование протяжённого промоторного островка, которое в данном случае было направлено не на ассимиляцию нового гена, а на оптимизацию экспрессии собственного гена oppB Bifidobacterium dentium.