|
Математическая биология и биоинформатика, 2013, том 8, выпуск 1, страницы 93–118
(Mi mbb136)
|
|
|
|
Математическое моделирование
Компьютерное моделирование дифракции импульсов рентгеновских лучей на нанокристаллах биологических макромолекул с использованием унитарной аппроксимации нестационарных факторов атомного рассеяния
В. Ю. Лунинa, А. Н. Грум-Гржимайлоb, Е. В. Грызловаb, Д. О. Синицынc, Н. К. Балабаевa, Н. Л. Лунинаa, Т. Е. Петроваa, К. Б. Терешкинаc, Э. Г. Абдулнасыровc, А. С. Степановc, Ю. Ф. Крупянскийc a Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Научно-исследовательский институт ядерной физики имени Д. В. Скобельцына Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова, Москва, 119991, Россия
c Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН, Российская академия наук, Москва 119991, Россия
Аннотация:
Использование в процессе рентгеновского дифракционного эксперимента мощных импульсных источников может приводить к существенному изменению электронной структуры объекта за время действия импульса. Учет этих изменений существенно усложняет решение прямой задачи рентгеновского рассеяния — расчета дифракционной картины на основе имеющейся атомной модели исследуемого объекта. Нами предложены две упрощенные схемы, позволяющие проводить подобный расчет с использованием стандартных методов стационарной (предполагающей неизменность объекта в процессе эксперимента) биологической кристаллографии, оставаясь в рамках точности, достижимой на сегодняшний день при исследовании биологических макромолекул. Продемонстрировано, что при использовании импульсов умеренной интенсивности и работе с наборами экспериментальных данных среднего разрешения ослабление во времени интенсивности рассеянных лучей происходит почти синхронно для всех брэгговских рефлексов. Это позволяет проводить расчет картины рассеяния по стандартным формулам, адаптируя к эксперименту лишь общий масштабирующий коэффициент. Для работы с более мощными пучками предложена модификация стандартных расчетных формул, которая сводится к замене стандартных факторов атомного рассеяния (формфакторов) их эффективными аналогами, вычисляемыми на основе нестационарных формфакторов.
Ключевые слова:
рентгеновский лазер на свободных электронах, фемтосекундные рентгеновские импульсы, рассеяние рентгеновских лучей, дифракция, нанокристаллы, биомакромолекулы.
Материал поступил в редакцию 11.03.2012, опубликован 19.03.2013
Образец цитирования:
В. Ю. Лунин, А. Н. Грум-Гржимайло, Е. В. Грызлова, Д. О. Синицын, Н. К. Балабаев, Н. Л. Лунина, Т. Е. Петрова, К. Б. Терешкина, Э. Г. Абдулнасыров, А. С. Степанов, Ю. Ф. Крупянский, “Компьютерное моделирование дифракции импульсов рентгеновских лучей на нанокристаллах биологических макромолекул с использованием унитарной аппроксимации нестационарных факторов атомного рассеяния”, Матем. биология и биоинформ., 8:1 (2013), 93–118
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb136 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v8/i1/p93
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 347 | PDF полного текста: | 99 | Список литературы: | 60 | Первая страница: | 1 |
|