Использование программы кристаллографического уточнения Refmac в процессе выявления альтернативных конформаций в биологических макромолекулах

Изучение смещений центров атомов при кристаллографическом уточнении макромолекулярной структуры без стереохимических ограничений позволяет обнаруживать присутствие альтернативных конформаций фрагментов полипептидной цепи. Процедуры автоматического принятия решений о наличии или отсутствии альтернативной конформации для конкретного фрагмента опираются на статистический анализ смещений атомов, полученных при тестовом уточнении большого количества белковых структур. При этом распределения вероятностей смещений оказываются зависимыми от используемой программы уточнения. В данной работе описаны построение баз смещений атомов, их анализ и разработка автоматических процедур идентификации альтернативных конформаций при использовании для уточнения структуры одного из наиболее популярных инструментов — программы Refmac.