|
Математическая биология и биоинформатика, 2012, том 7, выпуск 2, страницы 611–631
(Mi mbb126)
|
|
|
|
Биоинформатика
Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Hoc бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae
А. А. Зиминa, Г. В. Микулинскаяb, Л. Ф. Нигматуллинаa, Н. Н. Назиповаc a Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г. К. Скрябина, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
b Филиал Института биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
c Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Аннотация:
В данной работе представлены результаты сравнительного исследования иммуноглобулин-подобных доменов в геномах бактериофагов, родственных бактериофагу T4. Предложено использовать белки Hoc для классификации подсемейства фагов Teequatrovirinae. Осуществлен филогенетический анализ отдельных доменов 31 белка Hoc бактериофагов подсемейства. Показано, что число доменов в белках Hoc у разных бактериофагов подсемейства варьирует от одного до пяти. На основе этого бактериофаги можно разделить на 6 подгрупп. Филогенетическое дерево доменов белков — продуктов генов $\mathrm{hoc}$-бактериофагов, родственных Т4, образует три основные ветви. Это ветвь C-концевых доменов, ветвь N-концевых доменов и ветвь промежуточных доменов. Обязательное присутствие С-концевого домена во всех белках Нос указывает на его функциональную и структурную значимость для формирования белка и его прикрепления к капсиду фага. Сформулированы гипотетические схемы эволюционного происхождения повторяющихся аминокислотных последовательностей в белках Hoc.
Ключевые слова:
бактериофаг T4, белок Hoc, иммуноглобулин-подобныe белки, домены, филогенетическое дерево, эволюция белков.
Материал поступил в редакцию 11.10.2012, опубликован 26.11.2012
Образец цитирования:
А. А. Зимин, Г. В. Микулинская, Л. Ф. Нигматуллина, Н. Н. Назипова, “Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей отдельных доменов белков Hoc бактериофагов подсемейства Teequatrovirinae”, Матем. биология и биоинформ., 7:2 (2012), 611–631
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb126 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v7/i2/p611
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 452 | PDF полного текста: | 128 | Список литературы: | 47 | Первая страница: | 1 |
|