|
Эта публикация цитируется в 10 научных статьях (всего в 10 статьях)
Программирование
Influence of the method of hydrogen atoms incorporation into the target protein on the protein-ligand binding
energy
[О влиянии способа приготовления белка-мишени на связывание с ним лиганда]
D. K. Kutovab, E. V. Katkovaab, A. V. Sulimovab, O. A. Kondakovaab, V. B. Sulimovab a Research Computer Center, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russian Federation
b Dimonta Ltd., Moscow, Russian Federation
Аннотация:
Выбор метода подготовки белка-мишени, в частности, метод протонирования белка, может значительно повлиять как на пространственное расположение добавленных атомов водорода, так и на зарядовые состояния отдельных молекулярных групп аминокислотных остатков. Это означает, что при вычислении энергии связывания белка и лиганда различные способы подготовки белка-мишени могут привести к существенно разным значениям энергий связывания, а в случае докинга (позиционирования лиганда в активном центре белка) — к различным положениям лиганда в активном центре. В данной работе было проведено исследование влияния способа расстановки атомов водорода в белке-мишени на энергию связывания белок-лиганд. При этом исследовались случаи, когда все атомы водорода белка-мишени были зафиксированы или подвижны. В результате для тестового набора белков-мишеней, приготовленных шестью различными программами, показано, что энергия связывания белок-лиганд может существенно зависеть от способа добавления атомов водорода, и различия могут достигать $100$ ккал/моль. Показано также, что учет растворителя в одной из двух континуальных моделей несколько сглаживает эти различия, но они все равно могут оказаться порядка $10$–$20$ ккал/моль. Более того, мы показали, что докинг лиганда, проведенный с помощь программы SOL в закристаллизованный с ним белок, приготовленный разными способами, может дать существенно различные результаты как по позиционированию лиганда, так и по оценке его энергии связывания с белком в зависимости от способа добавления атомов водорода к белку.
Ключевые слова:
белок-мишень; кристаллическая структура; протонирование; энергия связывания белок-лиганд; докинг; силовое поле.
Поступила в редакцию: 31.10.2016
Образец цитирования:
D. K. Kutov, E. V. Katkova, A. V. Sulimov, O. A. Kondakova, V. B. Sulimov, “Influence of the method of hydrogen atoms incorporation into the target protein on the protein-ligand binding
energy”, Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование, 10:3 (2017), 94–107
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/vyuru389 https://www.mathnet.ru/rus/vyuru/v10/i3/p94
|
|