|
Вычислительные методы и программирование, 2012, том 13, выпуск 4, страницы 536–550
(Mi vmp60)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Вычислительные методы и приложения
Исследования влияния параметров генетического алгоритма на эффективность докинга с помощь программы SOL
Е. В. Каткова Московский государственный университет
им. М.В. Ломоносова, физический факультет,
Аннотация:
Проведен анализ ключевых параметров генетического алгоритма и изучено их влияние на эффективность процедуры докинга (позиционирования низкомолекулярных веществ в активном центре молекулы белка), реализованного в многопроцессорной версии программы SOL. Тестирование проводилось на наборе структур, представляющих собой комплексы белка урокиназы, закристаллизованной с различными низкомолекулярными ингибиторами (лигандами), и было ориентировано на оптимизацию дальнейшей работы по поиску новых ингибиторов урокиназы как потенциальных противоопухолевых препаратов. Оптимальные значения параметров генетического алгоритма получены как для режима, в котором проводится докинг одной молекулы, так и для режима виртуального скрининга, т.е. докинга больших библиотек химических соединений. Тестирование проводилось на кластерных суперкомпьютерах Московского государственного университета “Чебышев” и “Ломоносов”.
Ключевые слова:
докинг; разработка лекарственных средств; генетический алгоритм; глобальная оптимизация; параметризация.
Поступила в редакцию: 11.09.2012
Образец цитирования:
Е. В. Каткова, “Исследования влияния параметров генетического алгоритма на эффективность докинга с помощь программы SOL”, Выч. мет. программирование, 13:4 (2012), 536–550
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/vmp60 https://www.mathnet.ru/rus/vmp/v13/i4/p536
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 283 | PDF полного текста: | 65 |
|