Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Вычислительные методы и программирование, 2008, том 9, выпуск 1, страницы 101–107 (Mi vmp424)  
Вычислительные методы и приложения

Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло

Ф. В. Григорьев, С. Н. Жабин, А. Н. Романов, В. Б. Сулимов

Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова
PDF полного текста (697 kB)
Аннотация: Представлены результаты расчетов гидрофобной составляющей свободной энергии формирования комплексов белок-лиганд, обусловленной образованием/уничтожением полости в воде. Изменение свободной энергии вычислено для трех комплексов белок-лиганд методом термодинамического интегрирования. Термодинамический цикл для расчета состоял из двух стадий: уничтожение полости, соответствующей лиганду в свободном состоянии в воде, и ее создание в активном центре белка. Показано, что для всех исследованных комплексов изменение гидрофобной составляющей свободной энергии отрицательно и основной вклад в нее обусловлен уничтожением полости лиганда в свободном состоянии. Расчеты проведены с использованием параллельной версии программы CAVE. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 06-03-33171).
Ключевые слова: свободная энергия кавитации; модель воды TIP4P; моделирование методом Монте-Карло; гидрофобный эффект; комплекс белок-лиганд; термодинамическое интегрирование.
Тип публикации: Статья
УДК: 536.75; 538.9
Образец цитирования: Ф. В. Григорьев, С. Н. Жабин, А. Н. Романов, В. Б. Сулимов, “Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло”, Выч. мет. программирование, 9:1 (2008), 101–107
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GriZhaRom08}
\by Ф.~В.~Григорьев, С.~Н.~Жабин, А.~Н.~Романов, В.~Б.~Сулимов
\paper Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2008
\vol 9
\issue 1
\pages 101--107
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp424}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/vmp424
  • https://www.mathnet.ru/rus/vmp/v9/i1/p101
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    		Вычислительные методы и программирование
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:99
    PDF полного текста:42
    Список литературы:1
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024