|
Вычислительные методы и программирование, 2010, том 11, выпуск 3, страницы 299–305
(Mi vmp322)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Вычислительные методы и приложения
Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной,
векторизованной и многопоточной реализаций
Э. С. Фомин Институт цитологии и генетики СО РАН
Аннотация:
Алгоритмы поиска ближайших соседей широко используются в молекулярной динамике
для расчетов короткодействующих межатомных потенциалов. Эти алгоритмы
основываются на методах Верлет таблицы и связанных ячеек.
Дан анализ особенностей указанных методов и показано, что для плотных систем,
таких как вода, метод связанных ячеек требует значительно меньшего
объема необходимой памяти и
количества операций чтения данных по сравнению с методом Верлет
таблицы и может эффективно использоваться в параллельных реализациях.
Новая техника для параллелизации расчета короткодействующих потенциалов,
названная динамической пространственной декомпозицией, предложена для
метода связанных ячеек. Показано, что в параллельной SIMD-версии этот метод
превосходит метод Верлет таблицы на 40% и более, несмотря на большое
количество излишних расчетов межатомных расстояний. Эффективность обусловлена
тем, что данный метод более приспособлен для современных многоядерных
SIMD-процессоров. Все методы тестировались на пакете MOLKERN.
Ключевые слова:
метод Верлет таблицы; метод связанных ячеек; поиск ближайших соседей; SIMD; многопоточность.
Образец цитирования:
Э. С. Фомин, “Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной,
векторизованной и многопоточной реализаций”, Выч. мет. программирование, 11:3 (2010), 299–305
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/vmp322 https://www.mathnet.ru/rus/vmp/v11/i3/p299
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 115 | PDF полного текста: | 53 |
|