Реализация поддержки параллельных вычислений в программах докинга SOLGRID и SOL

Рассмотрены схемы реализации и получившиеся эффективности для нескольких вариантов докинга одного лиганда с использованием параллельных вычислений. В качестве программ, для которых реализовывались параллельные версии, были выбраны программы SOLGRID и SOL. Тестирование проводилось на кластерном суперкомпьютере СКИФ МГУ “Чебышeв”. Для реализации параллельности вычислений использовался MPI. Данная работа выполнена в рамках проведения научно-исследовательских работ по пост-геномным исследованиям и технологиям МГУ им. М.В. Ломоносова и выполнения работ по госконтракту 02.740.11.0388 по теме “Суперкомпьютерные технологии для решения задач обработки, хранения, передачи и защиты информации”, а также частично поддержана грантами РФФИ (коды проектов 09-01-12097_офи-м, 10-07-00595-а).