|
Модификация метода расчета полигенных рисков с использованием графа вариации
О. А. Кондратьеваab, Е. А. Карпулевичa a Институт системного программирования им. В.П. Иванникова РАН
b Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова
Аннотация:
Представление последовательности ДНК возможно в различном виде. Граф вариации один из самых точных методов, который позволяет работать с нетипичными участками и учитывать все их разнообразие. На основе этой структуры данных и метода полигенной оценки риска была построена система интерпретации ДНК. В результате был получен коэффициент корреляции между путем в графе, отвечающим за конкретную последовательность ДНК, и признаком. Затем мы сравнили его с коэффициентом, полученным аналогичным методом, но использующим представление последовательности с использованием эталонного генома. Такое сравнение помогло оценить эффективность представления в виде графа. После этого был построен модифицированный метод подсчета полигенной оценки на данных выравнивания инструмента vg, который также был сравнен с существующими методами. Модифицированный метод показал улучшение прогноза признака.
Ключевые слова:
граф, представление генома, граф вариаций, HISAT2, vg, minimap2, GGP, геномный граф, PRS, полигенная оценка, полигенная оценка риска
Образец цитирования:
О. А. Кондратьева, Е. А. Карпулевич, “Модификация метода расчета полигенных рисков с использованием графа вариации”, Труды ИСП РАН, 34:2 (2022), 191–200
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/tisp687 https://www.mathnet.ru/rus/tisp/v34/i2/p191
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 21 | PDF полного текста: | 22 |
|