Труды института системного программирования РАН
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Труды ИСП РАН:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Труды института системного программирования РАН, 2022, том 34, выпуск 2, страницы 191–200
DOI: https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2022-34(2)-15
(Mi tisp687)
 

Модификация метода расчета полигенных рисков с использованием графа вариации

О. А. Кондратьеваab, Е. А. Карпулевичa

a Институт системного программирования им. В.П. Иванникова РАН
b Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова
Аннотация: Представление последовательности ДНК возможно в различном виде. Граф вариации один из самых точных методов, который позволяет работать с нетипичными участками и учитывать все их разнообразие. На основе этой структуры данных и метода полигенной оценки риска была построена система интерпретации ДНК. В результате был получен коэффициент корреляции между путем в графе, отвечающим за конкретную последовательность ДНК, и признаком. Затем мы сравнили его с коэффициентом, полученным аналогичным методом, но использующим представление последовательности с использованием эталонного генома. Такое сравнение помогло оценить эффективность представления в виде графа. После этого был построен модифицированный метод подсчета полигенной оценки на данных выравнивания инструмента vg, который также был сравнен с существующими методами. Модифицированный метод показал улучшение прогноза признака.
Ключевые слова: граф, представление генома, граф вариаций, HISAT2, vg, minimap2, GGP, геномный граф, PRS, полигенная оценка, полигенная оценка риска
Тип публикации: Статья
Образец цитирования: О. А. Кондратьева, Е. А. Карпулевич, “Модификация метода расчета полигенных рисков с использованием графа вариации”, Труды ИСП РАН, 34:2 (2022), 191–200
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KonKar22}
\by О.~А.~Кондратьева, Е.~А.~Карпулевич
\paper Модификация метода расчета полигенных рисков с использованием графа вариации
\jour Труды ИСП РАН
\yr 2022
\vol 34
\issue 2
\pages 191--200
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/tisp687}
\crossref{https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2022-34(2)-15}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/tisp687
  • https://www.mathnet.ru/rus/tisp/v34/i2/p191
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Труды института системного программирования РАН
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:21
    PDF полного текста:22
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024