|
Эффективное использование программируемых графических процессоров в задачах молекулярно-динамического моделирования
С. А. Семеновa, Д. Л. Ревизниковab a Московский авиационный институт (национальный исследовательский университет)
b Вычислительный центр им. А. А. Дородницына Федерального
исследовательского центра «Информатика и управление» Российской академии наук
Аннотация:
Использование графических процессоров (GPU) позволяет существенно расширить возможности вычислительных систем. Рассматриваются вопросы применения графических процессоров в задачах молекулярно-динамического моделирования со сложным потенциалом межчастичного взаимодействия. С целью повышения производительности вычислений на GPU реализованы следующие методы: сокращение числа запросов в глобальную память, сокращение числа ветвлений, подбор оптимальной загрузки мультипроцессоров, использование эквивалентных математических выражений для более быстрого выполнения программного кода. Параллельное исполнение программы реализуется за счет разбиения пространства моделирования на ячейки, составления и обновления списка соседних атомов с целью минимизации коллизий памяти, распределения операций по вычислительным потокам и выделения дополнительной памяти для создания копий координат взаимодействующих атомов.
Ключевые слова:
высокопроизводительные вычисления; графические процессоры; разделяемая память; молекулярно-динамическое моделирование; наноматериалы.
Поступила в редакцию: 07.06.2017
Образец цитирования:
С. А. Семенов, Д. Л. Ревизников, “Эффективное использование программируемых графических процессоров в задачах молекулярно-динамического моделирования”, Системы и средства информ., 27:4 (2017), 109–121
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/ssi547 https://www.mathnet.ru/rus/ssi/v27/i4/p109
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 186 | PDF полного текста: | 64 | Список литературы: | 34 |
|