Предсказание посттрансляционных модификаций в белках: основные направления и методы

В обзоре рассмотрены основные направления в разработке методов предсказания посттрансляционных модификаций (ПТМ) белков на примере трех наиболее распространенных типов ПТМ — фосфорилирования, ацетилирования и гликозилирования. Значительное внимание уделено общей характеристике регуляторных взаимодействий, связанных с ПТМ. Проанализированы различные подходы к предсказанию ПТМ. Показано, что большинство методов основано только на анализе ближайшего окружения сайтов модификации. Соответствующие программы характеризуются относительно низкой точностью предсказания, что может быть обусловлено как неполнотой обучающих данных, так и особенностями регуляции ПТМ. Рассмотрены возможности и ограничения филогенетического подхода. Предсказание ПТМ с привлечением сведений по регуляторным взаимодействиям, включая модульную организацию взаимодействующих белков, представляется перспективным направлением при условии более тщательного подбора обучающих данных.
Библиография — 145 ссылок.