Программные системы: теория и приложения
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Правила для авторов
Загрузить рукопись

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Программные системы: теория и приложения:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Программные системы: теория и приложения, 2017, том 8, выпуск 1, страницы 219–242
DOI: https://doi.org/10.25209/2079-3316-2017-8-1-219-242 (Mi ps258) 		 
Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях)

Программное и аппаратное обеспечение для суперЭВМ

Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки по данным, полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C

Е. В. Кулаковаa, А. М. Спицинаa, А. Г. Богомоловb, Н. Г. Орловаa, А. И. Дергилевa, И. В. Чадаеваb, В. Н. Бабенкоb, Ю. Л. Орловb

a Новосибирский государственный университет
b Институт цитологии и генетики СО РАН
PDF полного текста (1730 kB) Список цитирования (3)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.25209/2079-3316-2017-8-1-219-242
Аннотация: В связи с ростом объемов данных геномики о положении сайтов связывания транскрипционных факторов, хромосомных контактах, аннотации геномных характеристик, полученных с помощью современных технологий секвенирования, растет потребность в разработке нового программного обеспечения для их статистической обработки и анализа. Рассмотрены технологии получения и программы анализа геномных данных секвенирования на основе технологий ChIA-PET и Hi-C. Представлена разработанная компьютерная программа для обработки геномных данных о хромосомных контактах и их функциональной аннотации.
Ключевые слова и фразы: биоинформатика, секвенирование, суперкомпьютерные вычисления, хромосомные контакты, графический интерфейс, базы данных.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российская академия наук - Федеральное агентство научных организаций 0324-2016-0008
Российский фонд фундаментальных исследований 14-04-01906_а
Российский научный фонд 14-24-00123
Исследование структурной организации генома поддержано бюджетным проектом ИЦиГ СО РАН 0324-2016-0008 и РФФИ 14-04-01906 (АИД, АГБ, ИВЧ, ВНБ). Разработка программ анализа данных хромосомных контактов ChIA-PET поддержана РНФ (14-24-00123) (ЕВК, АМС, ЮЛО).
Тип публикации: Статья
УДК: 57.05; 577.0; 573.22; 004.031.2
Образец цитирования: Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, А. Г. Богомолов, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, И. В. Чадаева, В. Н. Бабенко, Ю. Л. Орлов, “Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в ядре клетки по данным, полученным по технологиям ChIA-PET и Hi-C”, Программные системы: теория и приложения, 8:1 (2017), 219–242
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KulSpiBog17}
\by Е.~В.~Кулакова, А.~М.~Спицина, А.~Г.~Богомолов, Н.~Г.~Орлова, А.~И.~Дергилев, И.~В.~Чадаева, В.~Н.~Бабенко, Ю.~Л.~Орлов
\paper Программа анализа геномного распределения хромосомных контактов в~ядре клетки по~данным, полученным по~технологиям ChIA-PET и~Hi-C
\jour Программные системы: теория и приложения
\yr 2017
\vol 8
\issue 1
\pages 219--242
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ps258}
\crossref{https://doi.org/10.25209/2079-3316-2017-8-1-219-242}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/ps258
  • https://www.mathnet.ru/rus/ps/v8/i1/p219
    • Эта публикация цитируется в следующих 3 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    		Программные системы: теория и приложения
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:258
    PDF полного текста:48
    Список литературы:28
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024