Программные системы: теория и приложения
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Правила для авторов
Загрузить рукопись

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Программные системы: теория и приложения:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Программные системы: теория и приложения, 2015, том 6, выпуск 2, страницы 129–148 (Mi ps173)  
Эта публикация цитируется в 2 научных статьях (всего в 2 статьях)

Программное и аппаратное обеспечение распределенных и суперкомпьютерных систем

Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C

Е. В. Кулаковаa, А. М. Спицинаa, Н. Г. Орловаa, А. И. Дергилевa, А. В. Свичкаревa, Н. С. Сафроноваa, И. Г. Черныхb, Ю. Л. Орловb

a Новосибирский государственный университет
b Институт цитологии и генетики СО РАН
PDF полного текста (1853 kB) Список цитирования (2)
Список литературы:
PDF
HTML
Аннотация: Возрастающие объемы геномных данных о положении сайтов связывания транскрипционных факторов, хромосомных контактах, аннотации геномных характеристик, полученных с помощью современных технологий секвенирования, требуют разработки нового программного обеспечения для их анализа, оптимизации существующих алгоритмов обработки. Суперкомпьютерные вычисления позволяют решать задачи исследования регуляции транскрипции генов на качественно новом уровне. Рассмотрены задачи анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C. Представлены компьютерные подходы и разработанные авторами программы для решения предложенных задач геномики, приведена дискуссия о дальнейших направлениях развития.
Ключевые слова и фразы: биоинформатика, секвенирование ДНК, иммунопреципитация, хромосомные контакты, регуляция экспрессии генов, базы данных.
Поступила в редакцию: 14.05.2015
Подписана в печать : 25.05.2015
Тип публикации: Статья
УДК: 004.031.2
Образец цитирования: Е. В. Кулакова, А. М. Спицина, Н. Г. Орлова, А. И. Дергилев, А. В. Свичкарев, Н. С. Сафронова, И. Г. Черных, Ю. Л. Орлов, “Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C”, Программные системы: теория и приложения, 6:2 (2015), 129–148
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KulSpiOrl15}
\by Е.~В.~Кулакова, А.~М.~Спицина, Н.~Г.~Орлова, А.~И.~Дергилев, А.~В.~Свичкарев, Н.~С.~Сафронова, И.~Г.~Черных, Ю.~Л.~Орлов
\paper Программы анализа геномных данных секвенирования, полученных на основе технологий ChIP-seq, ChIA-PET и Hi-C
\jour Программные системы: теория и приложения
\yr 2015
\vol 6
\issue 2
\pages 129--148
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/ps173}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/ps173
  • https://www.mathnet.ru/rus/ps/v6/i2/p129
    • Эта публикация цитируется в следующих 2 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    		Программные системы: теория и приложения
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:258
    PDF полного текста:81
    Список литературы:34
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024