Ко-эволюция ДНК-связывающих белков и узнаваемых ими участков ДНК

Факторы транскрипции – это белки, функция которых состоит в связывании с ДНК и регуляции работы генов. Многие факторы связываются в ДНК специфично, узнавая относительно короткие участки (10–20 пар оснований). При этом участки связывания одного фактора похожи друг на друга.
В то же время, большинство факторов принадлежат к большим семействам родственных и структурно аналогичных белков. Участки, узнаваемые близкородственными факторами, похожи, а участки, узнаваемые более далекими факторами, могут быть похожи, а могут различаться. Возникает задача, какие именно изменения в факторе приводят к тому, что меняется узнавание.
В докладе будут рассказаны некоторые довольно простые подходы к решению этой задачи, а также поставлены более сложные проблемы, которые не решены. Для понимания не требуется предварительного знания биологии: необходимые элементарные сведения будут рассказаны в начале доклада, а далее изложение будет вестись на двух уровнях: неформальные биологические соображения будут сопровождаться более строгими формулировками в терминах символьных последовательностей.