Чунцинский университет является одним из ключевых государственных научно-исследовательских университетов, подчинённых Министерству Образования КНР. Он был создан в 1929 году и приобрёл статус государственного университета в 1942 году. К 1949 году Чунцинский университет превратился в крупное высшее учебное заведение, включающее в себя факультеты гуманитарных наук, естественных наук, инженерный факультет, школу коммерции, юридический и медицинский факультеты. С этого времени Чунцинский университет стал высшим учебным заведением, хорошо известным как в Китае, так и за рубежом.

В 1952 году во время проведения общегосударственной реорганизации высшего образования в КНР, научно-исследовательские интересы ЧУ были направлены в сторону политехнических наук, поскольку Чунцин являлся городом тяжёлой промышленности. В 1960 году ЧУ получил звание ''Ключевого государственного университета''.

С момента проведения реформ и политики открытости внешнему миру, ЧУ вновь стал развиваться как мультидисциплинарное учебное заведение, включающее инженерию, экономику, менеджмент, право, естественные и гуманитарные науки.

31 мая 2000 года произошло слияние ЧУ с Чунцинским архитектурным университетом — другим университетом национального значения, изначально находившимся под управлением Министерства Строительства КНР, а также с Чунцинским строительным колледжем. В результате этого слияния ЧУ значительно расширился в своих размерах. Так появился новый, современный Чунцинский Университет.

В течение 78 лет своего существования, ЧУ подготовил более 180 тысяч специалистов, в том числе более 40 выпускников стали академиками Китайской Академии Наук и Китайской Академии Инженерных наук. Такие известные учёные, как геолог Ли Шигуан, экономист Ма Иньчу, математик Хэ Лу и многие другие учёные работали профессорами или учились в ЧУ.