НИИ нейрокибернетики им. А. Б. Когана ЮФУ создан по постановлению Совета Министров РСФСР №224 от 20 апреля 1971 г.

Организатор и первый директор института — выдающийся отечественный нейрофизиолог и нейрокибернетик, проф. Александр Борисович Коган, возглавлял институт с 1971 по 1980. годы.

В последующие годы институтом руководили проф. Кураев Г. А. (1980–1990), Дунин-Барковский В. Л. (1990–1995), проф. Владимирский Б. М. (1995–2010). В настоящее время институт возглавляет проф. Кирой Валерий Николаевич.