Институт проблем переработки углеводородов СО РАН создан на базе объединения Конструкторско-технологического института технического углерода СО РАН (КТИТУ СО РАН) и Омского филиала Института катализа им. Г. К. Борескова СО РАН (ОФ ИК СО РАН).

В структуру ИППУ СО РАН входят 11 лабораторий и 1 научно-исследовательская группа (объединенные в 2 неструктурных научно-исследовательских отдела), отдел экспериментальных технологий адсорбентов и катализаторов, отдел экспериментальных технологий углеродных материалов.