Решением Ученого Совета от 9 июня 2003 г. и приказом ректора МГУ академика Садовничего В. А. № 553 от 13 июля 2004 г. в Московском университете в качестве структурного подразделения начал работать Институт проблем информационной безопасности.

Открытие института явилось результатом долговременных и результативных междисциплинарных исследований в области информационной безопасности, проводимых различными научными коллективами Московского университета.