Государственное учреждение Дальневосточный научный центр физиологии и патологии дыхания Сибирского отделения Российской Академии медицинских наук, именуемый в дальнейшем "Центр", создан Постановлением Президиума РАМН №29 от 11.03.98 г., Приказом РАМН №98 от 21.05.98 г., входит в состав СО РАМН, является государственной организацией в форме учреждения. Учредитель – СО РАМН.

Центр создан путем реорганизации Научно-исследовательского института физиологии и патологии дыхания СО РАМН и присоединения к нему Хабаровского и Владивостокского филиалов ГУ ДНЦ СО РАМН. На базе Научно-исследовательского института охраны материнства и детства СО РАМН (г. Хабаровск) создан Хабаровский филиал ГУ ДНЦ физиологии и патологии дыхания СО РАМН. На базе Научно-исследовательского института медицинской климатологии и восстановительного лечения СО РАМН (г. Владивосток), создан Владивостокский филиал ГУ ДНЦ физиологии и патологии дыхания СО РАМН.