Кыргызско-Узбекский университет был образован в 1997 г. и в своем составе имеет 4 института и 12 факультетов. В составе университета также имеется, Юридическая клиника, Энергетический проект "Темпус-Тасис", Центр по переводу и выпуску учебников; НИЦ "Природный камень", НИЦ "Альтерэнерго", НИЦ Медицина катастроф, НИЦ "Переходная экономика", НИЦ "Форменная одежда", Кыргызско-Узбекский профессиональный колледж и лицей, проблемные лаборатории по экологии, клуб любителей механики и клуб любителей природы, дизайн салон "Грация", бизнес-клуб "Эверест", телестудия "Гранит", музей этнографии и истории, культурно-эстетический центр, университетская газета "Планета Дружбы", спорткомплекс и спортклуб "Достук", типография, центр подготовки профессиональных водителей, курсы повышения квалификации преподавателей, медицинский пункт.

Университет имеет представительства трех областях Кыргызстана. На 49 кафедрах работают более 500 преподавателей, из них 131 кандидатов, докторов наук и доцентов. Университет имеет 7 учебных корпусов, развитую учебно-лабораторную и материальную базу, и готовит специалистов по 40 специальностям. Обучение ведется на трех языках (русском, кыргызском и узбекском). Кыргызско-Узбекский университет — это один из самых мощных, современных и престижных Вузов Кыргызстана. Ректором университета является член корреспондент Национальной академии наук, профессор, академик, депутат Парламента Кыргызской республики, Мамасаидов Мухаммед Ташалиевич.