О периодических граничных условиях для цепной молекулы в нерешеточной модели

Разработан алгоритм, реализующий в нерешеточном методе молекулярной динамики периодические граничные условия для цепной молекулы с длиной, существенно превышающей любой из трех размеров моделируемого объема. Алгоритм позволяет сохранять неизменным коэффициент упаковки системы при выходе части цепи за границы моделируемого объема путем полной замены этой части виртуальными частицами, а также моделировать крупномасштабные движения цепи. Для наблюдения смещения центра масс цепи, превышающего ее характерный размер, и, тем более, размер моделируемой системы, алгоритм дополнен методом виртуального смещения. Последний основан на использовании кинематических величин, не меняющихся при выполнении периодических граничных условий, в отличие от самого смещения, которое не может превышать размеры моделируемого объема.