|
Математическое моделирование, 2004, том 16, номер 11, страницы 15–24
(Mi mm219)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 5 научных статьях (всего в 5 статьях)
Многопроцессорное моделирование гидратации мезоскопических фрагментов ДНК
А. В. Теплухин Институт математических проблем биологии РАН
Аннотация:
Представлен новый подход к моделированию и изучению строения очень больших ($\sim10^6$ атомов) молекулярных систем в рамках метода Монте-Карло. В его основу положен оригинальный алгоритм, позволяющий выполнять классическую процедуру Метрополиса одновременно с несколькими (определяется числом доступных процессоров) молекулами. Автором подготовлен специальный пакет программ для изучения особенностей строения водной оболочки биологических макромолекул и анализа закономерностей их взаимодействия с водой. Программное обеспечение написано на алгоритмическом языке FORTRAN77 с использованием стандартных подпрограмм MPI. Компьютерные эксперименты с модельными молекулярными системами проводились на вычислительных комплексах ГУ МСЦ, г. Москва. В расчетах использовалось от 8 до 729 процессоров на МВС1000М.
Поступила в редакцию: 04.04.2003
Образец цитирования:
А. В. Теплухин, “Многопроцессорное моделирование гидратации мезоскопических фрагментов ДНК”, Матем. моделирование, 16:11 (2004), 15–24
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mm219 https://www.mathnet.ru/rus/mm/v16/i11/p15
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 371 | PDF полного текста: | 157 | Список литературы: | 43 | Первая страница: | 1 |
|