Многопроцессорное моделирование гидратации мезоскопических фрагментов ДНК

Представлен новый подход к моделированию и изучению строения очень больших ($\sim10^6$ атомов) молекулярных систем в рамках метода Монте-Карло. В его основу положен оригинальный алгоритм, позволяющий выполнять классическую процедуру Метрополиса одновременно с несколькими (определяется числом доступных процессоров) молекулами. Автором подготовлен специальный пакет программ для изучения особенностей строения водной оболочки биологических макромолекул и анализа закономерностей их взаимодействия с водой. Программное обеспечение написано на алгоритмическом языке FORTRAN77 с использованием стандартных подпрограмм MPI. Компьютерные эксперименты с модельными молекулярными системами проводились на вычислительных комплексах ГУ МСЦ, г. Москва. В расчетах использовалось от 8 до 729 процессоров на МВС1000М.