Изучение модели процесса сворачивания тРНК во вторичную структуру

Представляются результаты компьютерного моделирования процесса сворачивания линейных молекул РНК во вторичную структуру.Структура формируется в ходе взаимодействия двух процессов: молекулярного роста – последовательного роста цепи молекулы РНК и структуризации – последовательного постепенного возникновения и роста вторичной структуры в пределах уже выросшего участка молекулярной цепи. В ходе структуризации вторичная структура формируется путем последовательного добавления в нее элементарных подструктур – стеблей.При этом происходит локальная минимизация приращения свободной энергии на множестве допустимых стеблей. Предложен алгоритм расчета, использование которого привело к ускорению вычислительного процесса более чем на два порядка и позволило исследовать формирование структур для полного набора генетических текстов молекул тРНК, полученных в мире на начало 1990 года. Проведен анализ решений в пространстве двух параметров, получена асимметрия решений в зависимости от направления роста молекулярной цепи. В ходе исследования был получен наиболее высокий средний процент предсказания вторичной структуры тРНК (для изученных моделей свободной энергии) – более 86%.