Использование мультиплексной виртуальной ПЦР для генетического штрихкодирования бактериофагов рода Tequatrovirus

В данной работе исследована возможность использования метода мультиплексной виртуальной ПЦР для разработки подходов к штрихкодированию геномов бактериофагов Т4-типа. Проведено сравнение метода мультиплексной виртуальной ПЦР и филогеномного анализа, основанного на методе без использования выравнивания. Для исследования была взята выборка геномов фагов рода Tequatrovirus, ранее отобранная для пангеномного анализа. Использованные геномы предварительно были проверены на их адекватную аннотируемость и, соответственно, точность секвенирования. Для 67 геномов было проведено исследование методом мультиплексной виртуальной ПЦР, сформированы штрихкоды, определены параметры сходства. На основе полученных данных построено филогенетическое дерево с помощью метода присоединения ближайших соседей. Для этой же выборки геномов бактериофагов семейства Straboviridae было построено филогеномное дерево на основе матрицы попарных расстояний между наборами нуклеотидных 10-меров. Сравнение этих двух деревьев показало различие в ветвлении между контрольными удаленными по родству геномами из родов Mosigvirus и Dhakavirus, и ветвью геномов бактериофагов рода Tequatrovirus. Авторами работы было сделано предположение, что эти различия могут отражать особенности метода мультиплексной виртуальной ПЦР, который более применим для оценки сходства близкородственных геномов, чем их сопоставления с геномами, имеющими степень идентичности менее 75%. Можно заключить, что метод мультиплексной виртуальной ПЦР позволяет различать таксономические группы крупных бактериофагов, к которым относятся бактериофаги T4-типа, на уровне рода. Так, с помощью этого метода внутри рода таких бактериофагов можно более тонко сравнивать геномы вирусов длиной около 170 т.п.н. С практической точки зрения, мультиплексная виртуальная ПЦР вполне применима для включения штрихкодов, составленных на ее основе, в паспорт бактериофага для применения в практике фаговой терапии.