Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2022, том 17, выпуск 2, страницы 325–337
DOI: https://doi.org/10.17537/2022.17.325
(Mi mbb492)
 

Биоинформатика

Учет неравновесного сцепления при подборе панелей таргетного секвенирования

Д. Е. Романовab, Н. Э. Скобликовacd

a Медицинская лаборатория CL, Краснодар, Россия
b Южный федеральный университет, Ростов-на-Дону, Россия
c Кубанский государственный медицинский университет, Краснодар, Россия
d Краснодарский научный центр по зоотехнии и ветеринарии, Краснодар, Россия
Список литературы:
Аннотация: В работе предложен способ оптимизации разработки генодиагностических панелей на основе построения карт неравновесного сцепления. Подбор генов осуществляется на основании результатов полногеномного анализа ассоциаций (GWAS). Полногеномный анализ ассоциаций позволяет выявлять связь геномных вариантов с изучаемым фенотипом. Однако, нуклеотидные варианты, продемонстрировавшие наибольшую степень ассоциации, могут быть связаны с фенотипом лишь статистически, не являясь истинной причиной проявления фенотипа. При этом они могут оказаться в блоке сцепленного наследования с нуклеотидными вариантами, реально влияющими на проявление фенотипа. Построение карт неравновесного сцепления нуклеотидов позволяет оптимальным способом определить границы блоков сцепления, в который попадают искомые варианты. Целью данного исследования была оптимизация определения границ геномных локусов для создания таргетных панелей, направленных на предикцию восприимчивости к SARS-CoV-2 и тяжести течения COVID-19. Предложенная в данной работе методика подбора локусов для таргетной панели с учётом неравновесного сцепления позволяет использовать явление неравновесного сцепления с целью максимально охватить участки, задействованные в развитии фенотипа, с одновременной минимизацией длины этих участков, а вместе с тем и затрат на секвенирование.
Ключевые слова: COVID-19, таргетное секвенирование, неравновесное сцепление.
Финансовая поддержка Номер гранта
Кубанский научный фонд МФИ-П-20.1/10
Российский фонд фундаментальных исследований 19-44-230040-р_а
Исследование выполнено при финансовой поддержке Кубанского научного фонда и ООО “СЛ МедикалГруп” в рамках научного проекта МФИ-П-20.1/10, а также при финансовой поддержке РФФИ и Краснодарского края в рамках научного проекта № 19-44-230040-р_а.
Материал поступил в редакцию 31.08.2022, 10.10.2022, опубликован 22.11.2022
Реферативные базы данных:
Тип публикации: Статья
Образец цитирования: Д. Е. Романов, Н. Э. Скобликов, “Учет неравновесного сцепления при подборе панелей таргетного секвенирования”, Матем. биология и биоинформ., 17:2 (2022), 325–337
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{RomSko22}
\by Д.~Е.~Романов, Н.~Э.~Скобликов
\paper Учет неравновесного сцепления при подборе панелей таргетного секвенирования
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2022
\vol 17
\issue 2
\pages 325--337
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb492}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2022.17.325}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=50158436}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb492
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v17/i2/p325
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024