Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Математическая биология и биоинформатика, 2022, том 17, выпуск 2, страницы 250–265
DOI: https://doi.org/10.17537/2022.17.250 (Mi mbb488) 		 
Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях)

Биоинформатика

Применение алгоритма Ахо–Корасик для подбора праймеров для петлевой изотермической амплификации

Л. У. Ахметзяноваab, Т. М. Давлеткуловa, Р. Р. Гарафутдиновc, И. М. Губайдуллинa

a Уфимский государственный нефтяной технический университет, Уфа, Россия
b Институт нефтехимии и катализа – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения УФИЦ РАН, Уфа, Россия
c Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук
PDF полного текста (877 kB) Список цитирования (3)
Список литературы:
PDF
HTML
DOI: https://doi.org/10.17537/2022.17.250
Аннотация: В работе представлены результаты разработки компьютерной программы, позволяющей проводить дизайн (подбор) праймеров для выявления целевой нуклеотидной последовательности с помощью петлевой изотермической амплификации (lоop-mediated isothermal amplification, LAMP). Приведен обзор наиболее популярных программ дизайна праймеров для LAMP.
В работе описаны условия, которые необходимо учитывать при подборе праймеров для петлевой изотермической амплификации, а именно: длина праймеров, GC-состав, средний размер ампликона, температура отжига праймеров, расстояние между праймерами.
При подборе праймеров необходимо проводить поиск позиций вхождения нескольких образцов (праймеров) в нуклеотидной последовательности. Так как для проведения петлевой изотермической амплификации используется набор как минимум из четырех праймеров, имеющих гомологию с шестью участками нуклеотидной последовательности, для реализации поиска был реализован алгоритм Ахо–Корасик, который позволяет производить одновременный поиск нескольких вхождений в более длинной последовательности.
Разработанная программа позволяет находить праймеры для последовательностей разной длины и группировать их по наборам, которые формируются согласно критериям подбора и начальным условиям, определяемым пользователем. В результате проведенного компьютерного анализа пользователь может выбрать из предложенного перечня наборов праймеров наиболее оптимальный для конкретного эксперимента. Тестовый набор праймеров подбирался для проведения петлевой изотермической амплификации генома с целью выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2, вызывающего заболевание COVID-19.
Программа реализована на языке программирования Python с применением библиотек biopython, pyahocorasick и доступна по адресу: https://cloud.mail.ru/public/C7av/QCkSiUomz.
Ключевые слова: поиск образца в строке, алгоритм Ахо–Корасик, Python, дизайн праймеров, компьютерное моделирование, LAMP.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 20-37-90091
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проект № 20-37-90091).
Материал поступил в редакцию 26.06.2022, 03.10.2022, опубликован 14.11.2022
Реферативные базы данных:
Тип публикации: Статья
Образец цитирования: Л. У. Ахметзянова, Т. М. Давлеткулов, Р. Р. Гарафутдинов, И. М. Губайдуллин, “Применение алгоритма Ахо–Корасик для подбора праймеров для петлевой изотермической амплификации”, Матем. биология и биоинформ., 17:2 (2022), 250–265
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{AkhDavGar22}
\by Л.~У.~Ахметзянова, Т.~М.~Давлеткулов, Р.~Р.~Гарафутдинов, И.~М.~Губайдуллин
\paper Применение алгоритма Ахо--Корасик для подбора праймеров для петлевой изотермической амплификации
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2022
\vol 17
\issue 2
\pages 250--265
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb488}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2022.17.250}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=50158432}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb488
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v17/i2/p250
    • Эта публикация цитируется в следующих 3 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:81
    PDF полного текста:43
    Список литературы:23
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024