Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2019, том 14, выпуск Suppl., страницы t37–t43
DOI: https://doi.org/10.17537/2019.14.t37
(Mi mbb415)
 

Переводы опубликованных статей

Diverse RNA pseudoknots exist for short stems only
[Короткие стемы в псевдоузловых структурах РНК]

E. F. Baulina, A. V. Korinevskayab, P. O. Tikhonovab, M. A. Roitbergac

a Laboratory of Applied Mathematics, Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of Russian Academy of Sciences, Pushchino, Moscow Region 142290, Russia
b Faculty of Computer Science, National Research University Higher School of Economics, Moscow 101000, Russia
c Faculty of Innovations and High Technology, Moscow Institute of Physics and Technology (State University), Dolgoprudny, Moscow Region 141700, Russia
Список литературы:
Аннотация: Данная работа посвящена анализу роли так называемых “коротких” стемов, т.е. стемов длиной в два или три спаривания оснований, в псевдоузловых структурах РНК. Как известно, задача предсказания вторичной структуры РНК, включая псевдоузлы произвольного типа, является NP-сложной задачей, что определяет актуальность поиска путей такого ограничения рассматриваемых типов псевдоузлов, которое позволит решать задачу за полиномиальное время. Псевдоузлы в экспериментально разрешенных пространственных структурах РНК более чем на половину состоят из коротких стемов, энергетическая нестабильность которых подтверждается как различными математическими моделями, так и косвенно экспериментальными данными. Так, например, согласно представленным данным, коротким стемам чаще соответствуют внутренние петли и реже – шпильки, чем в среднем по всем стемам. В работе показано, что при исключении из рассмотрения коротких стемов, разнообразие псевдоузлов сводится к двум базовым типам – H-узлы и Kissing Loops. Единственным исключением является псевдоузел, образованный интроном группы II бактерии Oceanobacillus iheyensis. Экземпляры данного псевдоузла состоят из 12–13 стемов, причем исключение коротких стемов не приводит к изменению сигнатуры псевдоузла. В рассмотренных структурах интроны группы II представлены тремя организмами, однако в двух других организмах подобные псевдоузлы не сохраняют свой тип при исключении коротких стемов. Интересно, что данный псевдоузел образуется только при наличии фрагмента экзона Intron Binding Site 1, а при его отсутствии сводится к базовому типу Kissing Loops.
Ключевые слова: вторичная структура РНК, спаривание оснований, стем, короткий стем, псевдоузел, сигнатура псевдоузла, интрон группы II.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 16-04-01640
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант № 16-04-01640).
Материал поступил в редакцию 16.06.2019, опубликован 18.07.2019
Тип публикации: Статья
УДК: 577.214.5
Язык публикации: английский
Образец цитирования: E. F. Baulin, A. V. Korinevskaya, P. O. Tikhonova, M. A. Roitberg, “Diverse RNA pseudoknots exist for short stems only”, Матем. биология и биоинформ., 14, Suppl. (2019), t37–t43
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BauKorTik19}
\by E.~F.~Baulin, A.~V.~Korinevskaya, P.~O.~Tikhonova, M.~A.~Roitberg
\paper Diverse RNA pseudoknots exist for short stems only
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2019
\vol 14
\pages t37--t43
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb415}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2019.14.t37}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb415
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v14/i3/p37
    Перевод статьи
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:84
    PDF полного текста:21
    Список литературы:18
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024